实验室依托湖北大学，实行主任责任制，按照“开放、流动、联合、竞争”的原则，实行统一管理、分级负责、协调运行的管理模式。实验室实行管理委员会领导、学术委员会指导下的实验室主任负责制。学校赋予实验室主任在人事、财务、科学研究、成果转化、人才培养、行政管理等方面相对独立的管理权限。
（一）实验室领导
书 记：黄裕钊
主 任：马立新
副主任：江正兵
副主任：杨世辉
副主任：李爱涛
副主任：李珊珊
副主任（专职）：杨 勇
（二）组织管理结构
实验室实行学术委员会指导和管理委员会领导下的实验室主任负责制。下设酶资源挖掘与机理等3个方向的研究室和1个管理与技术平台。具体组织框架如下：
实验室组织框架图
管理委员会
为充分协调湖北省政府相关资源支持重点实验室的建设，做好省部共建国家重点实验室的重大决策，学校组建实验室管理委员会。管理委员会由湖北省科技厅、财政厅、教育厅等主管部门及学校领导组成，每年召开一次全体会议，主要任务是审议确定实验室的发展规划、年度财务预（决）算、资金筹措与使用方案等重大事项，审议实验室年度工作报告，对实验室工作进行评估。
学术委员会
学术委员会是实验室的最高学术机构，主要职责是协助理事会研究确定实验室学科布局和科学研究方向、科研队伍培养方案，审定研究课题开放事宜，监督经费使用，评估实验室研究工作进展及成果，审议实验室主任的工作报告。每年至少召开一次全体学术委员会会议。学术委员会由15名专家组成，由国内外同领域的科学家组成。学术委员会设主任1人、副主任1人。
（三）实验室日常运行管理与责任追溯
1．实验室主任负责制
实验室的研究单元是研究室，根据实验室研究方向，以研究室为功能单元开展研究工作。在组建研究室时提倡学科交叉融合和队伍整合。学术委员会对研究室开展定期考核和学术评估，实行优胜劣汰。实验室主任由管理委员会组织公开招聘，经管理委员会推荐，报上级主管部门任命。实验室主任的职责是在既定的研究方向框架下负责组织领导实验室的科学研究、学术活动、财物开支审批、主任基金管理、专职人员聘任等事宜。根据实验室研究方向，组织制定实验室开放课题指南，制订实验室年度建设计划和中长期建设计划并负责检查执行。配合实验室学术带头人组织与协调实验室的科研工作，做好实验室研究人员的梯队建设和人才培养，定期向学术委员会提交工作报告。
2．建立完善的实验室规章制度
根据实验室运行的实际需求，建立相应的管理制度，对人、财、物、教学、科研及服务等进行全面管理和责任追溯。
（1）日常管理
包括后勤保障、对外联络与学术交流、开放基金管理、科研成果和相关数据资料汇总、网站维护以及一般性工作等。负责建立和完善一系列规章制度，主要包括：主任职责、固定研究人员职责、办公室职责、防火安全规定、安全保卫制度、学术道德规范管理办法。
（2）仪器设备管理
按照“严格管理、高效使用、对外开放、资源共享”的原则对实验室仪器设备进行管理和维护，实行仪器设备管理责任制。
（3）基础设施管理
负责组织实验室的各项基础设施（野外实验设施、实验室改造）建设、仪器设备的采购和更新、大型仪器设备的维护保养和开放管理工作。
（4）其它事务管理
主要包括人力资源管理、财务管理、目标考核管理、人才流动和学术交流管理以及其他日常工作。
据此，实验室制定了《省部共建生物催化与酶工程重点实验室暂行管理条例》、《省部共建生物催化与酶工程重点实验室学术委员会工作章程》、《省部共建生物催化与酶工程重点实验室固定人员管理办法》等（附件2），从而保证实验室顺利开展各项工作。
（四）人员聘用及流动
实验室坚持“学术至上”的发展理念，以开放、竞争的姿态，采用“全员聘任，固流结合，梯队发展”的模式，吸引一流人才，打造若干个优秀研究室或科研团队，产出一批高水平科研成果。“全员聘任”是指实验室的全体人员全部实行聘任上岗制度，从实验室主任到课题组研究人员，从专职管理人员到科研辅助人员，一律按照岗位要求聘任上岗，实行任期考核。
“固流结合”是将实验室人员规划为固定人员和流动人员两部分。固定人员由具有较强的研究能力和较好的工作业绩的研究人员组成。实验室建设初期，固定人员由管理委员会推荐，实验室依托单位遴选后聘任；实验室建设通过验收后，固定人员由管理委员会和依托单位对其进行考核，考核合格的研究人员予以续聘，不合格的研究人员则自动退出实验室。固定人员中有一定比例的管理人员。流动人员主要包括短期聘任的研究人员、高级访问学者、博士后研究人员和在实验室工作的研究生等。
“梯队发展”是指分梯度建立和稳定三个层次的研究队伍。主要包括学术带头人、中青年研究骨干、实验室技术支撑人员。着力组建一支具有国际视野的开放、流动的领军型学术带头人队伍，稳定一批具有创新潜质的中青年骨干研究队伍，培养一批基础扎实的实验室技术支撑队伍。
（五）仪器设备管理和使用
制订实验室仪器设备使用管理制度，提高仪器使用效率，降低试验仪器的非正常损耗。仪器设备实行分类管理，对于放置在各课题组内的小型和常用设备，由研究室指定固定研究人员负责运行管理；对于大型公用设备，在实验室建立公共平台，由专职技术人员进行管理，负责仪器设备使用的预约、登记、维护维修、损坏赔偿等制度的执行。实验室所有仪器设备，包括各研究室的专用仪器设备，均在实验室范围内实行共享。实验室将积极创造条件，对本实验室使用率不高的仪器设备对外开放，全面提高仪器设备的利用率。
（六）知识产权管理
实验室将对取得的研究成果和知识产权予以保护，建设期内将制定和完善《省部共建生物催化与酶工程重点实验室科研成果管理办法》、《省部共建生物催化与酶工程重点实验室知识产权保护管理办法》等规章制度，加强实验室对知识产权和科研成果的统筹管理。
